Zprostředkujícím subjektem zůstává také agentura CzechInves. Novinkou pro nadcházející dotační období je zapojení Technologické agentury ČR (TAČR) jako dalšího zprostředkujícího subjektu. Jednání o detailech působnosti v projektech výzkumu a vývoje však stále probíhají. Národním orgánem pro koordinaci OPPIK zůstává ministerstvo pro místní rozvoj. Na oblast platební, auditní a certifikační bude dohlížet ministerstvo financí.