Poruší-li příjemce podpory pravidla, může poskytovatel dotace požadovat vrácení celé sumy, nebo její části. Při pochybení v zadávání veřejných zakázek, nemusí být část dotace vůbec vyplacena. Změna, kterou vyžadovala evropská legislativa, je již schválená poslaneckou sněmovnou.